5.01 «Спасательная операция (вторая часть)» (англ. Search and Rescue)
Картер начинает операцию по спасению пострадавших от крупного взрыва в комплексе Майкла. Однако вскоре спасательная экспедиция перерастает в стычку с Майклом и его армией из человек-ирактусных гибридов... 11 июля 2008
5.02 «Побеги» (англ. The Seed)

Загадочный инопланетный организм выбирает доктора Келлер в качестве носителя. Чтобы спасти ее от смерти, пробужденный из стазиса Беккет и атлантийцы вынуждены отчаянно искать сыворотку. Причем найти ее нужно до того, как паразит сумеет захватить Атлантиду…
18 июля 2008
5.03 «Порвать с прошлым» (англ. Broken Ties)
Тайр (см. эпизод «Воссоединение»), захватывает Ронана и передает Рейфам.Спасательной экспедиции удалось захватить Тайра.После лечения ,он хочет спасти друга.Остается понять можно ли ему доверять? 25 июля 2008
5.04 «Другой Дедал» (англ. The Daedalus Variations)
Экспедиция на Атлантиде сталкивается с «Дедалом», дрейфующим в космосе без экипажа. Согласно бортовому журналу, экипаж эвакуировался на ближайшую планету, но главное — командиром этого земного крейсера является капитан Соболь. Возникает вопрос — кто такая капитан Соболь? 1 августа 2008
5.05 «Компьютерный призрак» (англ. Ghost In the Machine)

Оставшиеся в живых репликаторы из группы Неама прибывают на Атлантиду в поисках способа вознесения…
16 августа 2008
5.06 «Святыня» (англ. The Shrine)

Родни МакКей заражается паразитом, который вызывает симптомы, характерные для болезни Альцгеймера. Самое ужасное, что ему уже ничем нельзя помочь… По крайней мере, так заявляет доктор Келлер. Но так ли безнадежна ситуация на самом деле?
22 августа 2008
5.07 «Шепот во мгле» (англ. Whispers)

Шеппард и Беккет присоединяются к команде майора Энни Телди на планете с одной из исследовательских лабораторий Майла, скрытых в системе пещер планеты и предназначавшихся для создания ранних версий человек-ирактусных гибридов. К сожалению для атлантийцев, гибриды Майкла проснулись...
5 сентября 2008
5.08 «Королева» (англ. The Queen)

Тейла выдает себя за королеву улья Тодда (Кристофер Хейердал), давая ему возможность вступить в переговоры с другим ульем и его королевой.
12 сентября 2008
5.09 «Маячок» (англ. Tracker)

Атлантийцы прибывают на планету, где Рейфы преследуют Беглеца. События принимают неожиданный оборот, когда Беглец захватывает Келлер — ему нужно, чтобы она оказала медицинскую помощь его 10-летней спутнице. МакКей и Декс отправляются на поиски Дженнифер…
19 сентября 2008
5.10 «Первый контакт (первая часть)» (англ. First Contact)

Дэниэл Джексон возвращается на Атлантиду, чтобы найти лабораторию мятежного лантийского ученого Януса. Найдя эту лабораторию, они с МакКеем невольно активируют подпространственный передатчик. Спустя некоторое время Атлантиду навещают таинственные инопланетяне и похищают Родни и Дэниэла...
26 сентября 2008
5.11 «Затерянное племя (вторая часть)» (англ. The Lost Tribe)

Шеппард должен спасти МакКея и Дэниэла Джэксона из лаборатории Януса до того, как Тодд, угнавший звездный крейсер Земли, доберется до них первым...
10 октября 2008
5.12 «Чужеземцы»(англ. Outsiders)

Шеппард и его отряд встречают мужчину и женщину, двоих из того немногочисленного числа баларанцев, переживших на своей родной планете эпидемию хоффанской чумы, а теперь живущих среди народа, которому помогает доктор Беккет...
17 октября 2008
5.13 «Трибунал» (англ. Inquisition)

Атлантийцы обвиняются в преступлениях против народов Пегаса на трибунале. Процесс был начат некой "Коалицией", день за днем набирающей свою силу и влияние в галактике Пегас. Вполне вероятно, за Коалицией стоят дженаи...
24 октября 2008
5.14 «Блудный сын» (англ. Prodigal)

В поиске ребенка Тейлы, Майкл и его гибриды захватывают Атлантиду. В то время как гибриды один за другим берут под свой контроль все новые секторы города, взводы Шеппарда и Лорна пытаются отбить у них город обратно.
7 ноября 2008
5.15 «Последний шанс» (англ. Remnants)
Прийдя в сознание, Джон Шеппард обнаруживает себя связанным по рукам и ногам в лесу на нынешней «домашней» планете Атлантиды. Вскоре открывается, что его похитил Акастус Кола. В самой Атлантиде возникают проблемы иного рода: Вулси, МакКей и остальная часть команды делают шокирующее открытие о «домашней» планете Атлантиды. 14 ноября 2008
5.16 «Эврика» (англ. Brain Storm)

Родни МакКей приглашен на научную презентацию устройства управления погодой. Но совсем скоро все начинает идти не так, как хотелось бы...
21 ноября 2008
5.17 «Инфекция» (англ. Infection)

На орбите Атлантиды появляется корабль рэйфов и присылает просьбу о помощи. Отряд отправляются на разведку и узнает, что рэйфов и их улей поразило странное заболевание.
5 декабря 2008
5.18 «Идентификация» (англ. Identity)
Устройство древних приводит к тому, что доктор Келлер меняется телом с женщиной по имени Нива. Когда становится ясно, что произошло, отряд Шеппарда вместе с доктором Карсоном Бекеттом должен найти и отключить прибор. 12 декабря 2008
5.19 «Однажды в Вегасе» (англ. Vegas)

Детектив Джон Шеппард и агент ФБР Ричард Вулси расследуют в Лас-Вегасе (шт. Невада) дело, касающееся нескольких убийств, отличительная черта которых - тела выглядят так, как будто из них высосали жизнь. Вполне вероятно, что в Лас-Вегасе орудует голодный рейф…
2 января 2009
5.20 «Враг у ворот» (англ. Enemy at the Gate)

Команда узнает, что ненасытные Рейфы сумели приобрести несколько МНТ для усиления еще более устрашающего корабля-улья - и теперь он направляется к Земле.
9 января 2009